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Afin de limiter l’impact de ses activités sur l’environnement,  l’unité Unité expérimentale d'écologie et d'écotoxicologie aquatique U3E s’est engagée dans une démarche collective éco-responsable en mettant en place un système de management environnemental et un ensemble d’actions dont la qualité est reconnue officiellement par la certification ISO14001. Les sites de Rennes, Le Rheu, Pont-Scorff et Ducey de l'U3E sont certifiés depuis le 20 avril 2015. 

Hormis le site atelier de la Bresle, seules les activités réalisées dans le cadre des installations de l'U3E sont intégrées dans le périmètre d'application de l'ISO 14001.

Cette démarche s’inscrit dans une action collective, impulsée par INRAE, pilotée par la DG et accompagnée par la CNUE (Commission nationale des unités expérimentales) et le Pôle Protection de l’Environnement (PPE).